在米花町这座看似平静的城市里，罪恶却如隐藏在黑暗中的幽灵，时不时地冒出来打破安宁，这一次，一桩离奇的凶案如同阴霾一般笼罩了整个街区，而柯南，这位拥有着超凡智慧和敏锐观察力的少年侦探,再次被卷入了这场充满谜团的案件之中。
案件发生在一个老旧的公寓楼里，报案者是公寓管理员，清晨他例行巡查时，发现 302 室的房门半掩着，一股浓烈的血腥气从屋内弥漫而出，当警方赶到现场时，看到的是一幅惨状：房间内一片狼藉，被害人横躺在客厅中央，胸口插着一把匕首，鲜血染红了周围的地板，被害人名叫山本一郎，是一个普通的上班族，平时为人低调,与邻里之间也没有什么明显的矛盾。
柯南和毛利小五郎、小兰在听闻消息后也迅速赶到了现场，柯南一进入房间，便开启了他细致入微的观察模式，他注意到房间的窗户是紧闭着的，没有被破坏的痕迹，而门也没有被撬过的迹象，初步判断这很可能是熟人作案，在仔细检查尸体时，柯南发现山本一郎的手中紧紧握着一个破碎的怀表，怀表的玻璃已经破裂，指针停在了晚上 10 点 30 分的位置,这难道是被害人留下的死亡讯息？
毛利小五郎在一旁摸着下巴，做出一副胸有成竹的样子说道：“依我看啊，这肯定是入室抢劫杀人，凶手趁山本一郎开门的时候闯进来，抢走了值钱的东西，然后杀人灭口。”柯南却在一旁暗自摇头，他觉得事情并没有这么简单，如果是抢劫，房间里的贵重物品并没有被洗劫一空，而且现场并没有激烈打斗的痕迹,被害人似乎是在毫无防备的情况下被杀害的。
警方开始对公寓内的住户进行逐一排查，住在 301 室的是一个年轻的画家，名叫小林，据他所说，昨晚他一直在房间里画画，并没有听到什么异常的声音，当柯南询问他是否认识山本一郎时，小林表示只是偶尔在楼道里打过招呼，并不熟悉，柯南注意到小林的房间里摆满了各种画作，其中有一幅画引起了他的注意，那是一幅描绘夜晚城市景色的画，画上的时间刚好也是晚上 10 点多,天空中明月高悬。
警方又询问了 303 室的住户，一位名叫佐藤的老太太，佐藤老太太说她年纪大了，晚上睡得早，昨晚大概 9 点多就上床休息了，什么都没听见，她回忆起山本一郎平时是个很有礼貌的年轻人,经常帮她提重物。
在调查过程中，柯南发现了一个可疑之处，公寓楼的电梯在昨晚 10 点到 10 点 30 分之间出现了故障，处于维修状态，也就是说，这段时间如果有人要上下楼，只能通过楼梯，那么凶手在作案后是如何离开的呢？怀表上的时间又代表着什么含义呢？
柯南决定重新梳理整个案件，他再次回到案发现场，仔细查看每一个角落，在客厅的沙发底下，他发现了一个小小的纽扣，纽扣上有一些奇怪的图案，经过对比，这个纽扣并不是山本一郎衣服上的，很可能是凶手留下的，柯南拿着纽扣，陷入了沉思，他想,这个纽扣或许是找到凶手的关键线索。
警方通过调查山本一郎的手机通话记录，发现他在昨晚 10 点左右接到了一个神秘的电话，电话是从一个公用电话亭打来的，无法追踪到具体的号码，柯南推测，这个电话很可能与案件有着密切的关系，也许是凶手约山本一郎见面,然后趁机将他杀害。
为了找到更多的线索，柯南决定在公寓楼周围进行调查，他发现公寓楼后面有一条狭窄的小巷，小巷通向一个废弃的工厂，柯南顺着小巷来到工厂，工厂里弥漫着一股陈旧的气息，在工厂的角落里，他发现了一辆自行车，自行车的轮胎上有一些泥土和血迹，柯南心中一动,他觉得这辆自行车很可能与凶手有关。
经过一番仔细的检查，柯南发现自行车的车架上有一个编号，他通过警方的数据库查询，得知这辆自行车是属于一个名叫田中次郎的人，田中次郎曾经因为盗窃案被警方逮捕过，有犯罪前科，柯南立刻意识到,田中次郎很可能就是这起凶案的凶手。
当警方找到田中次郎时，他正躲在一个破旧的仓库里，面对警方的质问，田中次郎一开始还百般抵赖，但在柯南拿出一系列的证据面前，他终于低下了头，承认了自己的罪行，原来，田中次郎与山本一郎曾经是同事，因为一次工作上的失误，山本一郎被升职，而田中次郎却被降职，田中次郎心怀怨恨,一直想找机会报复山本一郎。
案发当晚，田中次郎先用公用电话约山本一郎在公寓楼后面的小巷见面，等山本一郎到达后，他趁其不备，用匕首将山本一郎刺死，然后他骑着自行车回到公寓楼，通过楼梯进入房间，伪造了抢劫杀人的现场，他以为自己做得天衣无缝,却没想到留下了那么多的线索。
柯南通过他敏锐的观察力和严谨的推理，成功地揭开了这起凶案的真相，被害人山本一郎终于沉冤得雪，而米花町也暂时恢复了往日的平静，柯南知道，在这座城市里，还隐藏着许多未知的罪恶，他将继续凭借自己的智慧和勇气，守护正义,让真相大白于天下。
在之后的日子里，柯南依然活跃在各个案件的现场，每一次，他都能从看似毫无头绪的线索中找到关键的突破点，用他那聪明的头脑解开一个又一个复杂的谜团，他的名声在米花町越来越响亮,人们对这个看似普通的少年侦探充满了敬佩和信任。
又有一天，一个新的案件摆在了柯南面前，这是一起发生在豪华酒店的谋杀案，一位知名的企业家在酒店的套房内被杀害，现场同样充满了诡异的气息，房间门窗紧闭，没有被破坏的迹象，死者死状奇特，面部扭曲,似乎是看到了什么极其恐怖的事情。
柯南和毛利小五郎、小兰再次来到案发现场，柯南一进入房间，就注意到房间里有一股淡淡的香水味，他仔细观察四周，发现死者的手指上有一个奇怪的印记，像是被某种特殊的戒指按压过，桌子上放着一杯还未喝完的红酒，酒杯上有死者的指纹,但同时也有另一个模糊的指纹。
毛利小五郎又开始发表他的“高见”：“这肯定是商业竞争对手干的，为了利益不择手段，潜入酒店杀害了这位企业家。”柯南没有理会毛利小五郎的推断，他继续在房间里寻找线索，他在垃圾桶里发现了一张揉皱的纸条，上面写着一些模糊不清的字，经过仔细辨认,似乎是一个约会的时间和地点。
柯南通过调查酒店的监控录像，发现死者在案发当晚曾与一名女子一起进入房间，这名女子戴着一顶帽子，看不清面容，柯南推测，这名女子很可能就是凶手，为了找到这名女子，柯南开始从纸条上的约会信息入手，他发现纸条上的地点是一个偏僻的咖啡馆,而时间就是今晚。
柯南和警方提前来到咖啡馆埋伏，当一名戴着帽子的女子出现时，柯南立刻认出她就是监控录像里的那个人，警方迅速将女子控制住，经过审讯，女子承认了自己的罪行，原来，她是死者的情人，因为死者想要抛弃她，她心生怨恨,于是设计杀害了死者。
柯南就是这样，在一桩又一桩的凶案中穿梭，凭借着他的智慧和毅力，一次又一次地侦破案件，让正义得以伸张，他的故事还在继续，而米花町也因为有了他，多了一份安宁和希望，每一个案件都是一次挑战，每一次侦破都是对正义的坚守，柯南这位少年侦探，用他的行动书写着属于自己的传奇。
